栽培化が行われたのは
東アフリカ高地と推測されている。かつては同じオヒシバ属で最も近縁な
オヒシバ E. indica (L.) Gaertn. を作物化したものと思われていたが、2倍体で染色体数が2n=18のオヒシバに対し、シコクビエと同じ4倍体で染色体数2n=36の野生種がアフリカで発見され、
1994年にシコクビエの亜種として
Eleusine coracana Gaertn. subsp.
africana ( Kenn.-O'Byrne ) K.W.Hilu & J.M.J.de Wet と命名され、これがゲノムの詳細な分析などによってシコクビエの原種であることが確定した。オヒシバ由来のゲノムは栽培シコクビエには入り込んでおらず、栽培種としてのシコクビエの成立にオヒシバが関与したとする仮説は否定されている。
米食が普及する以前には、日本各地で栽培されていたと考えられているが、現在の日本では四国や中部地方の山間地域など、わずかな地域でしか栽培が確認されていない。日本では粉に挽いて
おねりや
団子として食べられたことが多かったが、
粥にして粒食することもあった。日本人による味の評価は非常にまずいとするものと美味とするものに極端に分かれるが、まずいとする記述はおおむね粒食に対する評価であり、美味とするものの評価は粉食に対するものである。
