1245年、
都市権を得た。中世後期には、
毛織物や
造船などの産業が発達した。16世紀後半の
八十年戦争に際して、1572年11月より激しい
スペイン軍の攻撃を受けた。数ヶ月の抵抗をみせたが、翌年の7月に降伏した。1577年の講和によってスペイン軍は撤退し、
カトリックと
プロテスタントの同権が確認された。これ以降、
フランドルより多くの難民が流入し、彼らによって
麻織物工業や
漂白の高度な技術がもたらされた。そのため、この時期のハールレムは、ヨーロッパ屈指の漂白地として繁栄を取り戻した。その他、17世紀頃より
チューリップなどの球根栽培が盛んに行われ、今日に至るまでハールレムの主要産業の一つとなった。1839年、オランダ初の
鉄道がアムステルダムとハールレムの間で開通した。