1990年にはツチ系の
ルワンダ愛国戦線 (RPF) が組織され
内戦が起こった(
ルワンダ内戦)。
1993年に和平合意に至るが、
1994年4月にフツの大統領が暗殺と思われる飛行機事故で死亡した事を発端に対立が再燃した。
国際連合が介入して停戦。政府軍と暴徒化したフツによって、7月までのおよそ100日間に80万人から100万人のツチと穏健派のフツが殺害されたと見られている。また大量の難民が周辺国に流れ込み、国際問題となった。この紛争の結果は、のちに隣国ザイール(現
コンゴ民主共和国)の
モブツ政権の崩壊へと波及した。