戦国時代には関東における覇権を、次第に新興勢力である
後北条氏に押され、山内上杉家の当主
上杉憲政は、越後守護代として勢力を台頭させていた
三条長尾家の長尾景虎(後の
上杉謙信)に上杉の名跡を譲った。景虎は山内上杉家督、関東管領就任により上杉政虎(輝虎)と名乗った。これにより再び上杉氏は勢いを取り戻し、その養子
景勝(
越後長尾氏のうち
上田長尾家より)は豊臣政権の五大老を務め、会津藩120万石。江戸時代は
米沢藩30万石(実高51万石)を領した。のち無嗣の危機に瀕したこともあり15万石(実高33万石)に減知されたが、幕末まで大名としての地位を維持した。
その後、
観応の擾乱では
高氏と対立するなど波乱もあったが、憲房の子の
憲顕の時代には上野・
越後・
伊豆の守護を兼ねた。上杉憲顕がに
鎌倉公方足利基氏の執事(管領)に任ぜられて、初代の関東管領になって以来、鎌倉に居住した一族から犬懸(いぬかけ)、山内(やまのうち)、宅間(たくま)、扇谷(おうぎがやつ)の4家が出た(頭に居住地名を冠している)。宅間上杉家は早くに衰え、犬懸上杉家は
上杉禅秀の乱により主流派から脱落したので、
15世紀半ばからは憲顕の子孫
山内上杉家と、憲顕の従兄弟の子孫
扇谷上杉家の2家が有力となるが、関東管領の職はもっぱら山内上杉家の当主が独占した。この頃の山内上杉家当主であった関東管領
上杉憲実は、
足利学校の再興者として歴史に名を残している。その一方、上杉氏と足利公方家の対立が鮮明となり、には鎌倉公方
足利成氏が関東管領
上杉憲忠(憲実の子)を殺害したことに発する内乱(
享徳の乱)が発生し、関東は
応仁の乱よりも十数年早く事実上の
戦国乱世に突入することとなった。