江戸時代にはいると、
伊勢・
富士を中心に
出雲・
津島など多くの神社で御師の制度が発達した。経済の安定と庶民の隆盛とともに、寺社詣りが信仰と遊興の側面を持ち出したことが要因といわれる。そのため御師の役割が急速に高まり、伊勢や富士では全国に檀那を持つまでに至った。例えば、伊勢御師は全国各地に派遣され、現地の伊勢講の世話を行うとともに彼らが伊勢参りに訪れた際には自己の宿坊でこれを迎え入れて参拝の便宜を図った。同様のことは各地で行われ、中世から近世にかけて、御師の間で
師職(御師の
職)や檀那の相続や譲渡・売買が盛んに行われるようになり、勢力の強い御師により檀那や祈祷料などが集まるようになった。一方で熊野御師は熊野信仰の衰退とともに衰退した。